Ist das aber wirklich die ursprüngliche Bibel? Die Entdeckungen alter Handschriften während des 20. Jahrhunderts halten die Frage am Leben. So entdeckte Schechter vor über hundert Jahren alte hebräische, auch biblische Handschriften in der vergessenen Geniza einer ehemaligen Kairoer Synagoge, die der jüdischen Sondergemeinschaft der Karäer gehört hatte. Noch interessantere Abweichungen fanden sich in den Qumran-Handschriften, die seit 1947 nach und nach ans Licht kamen. Alle Bücher, die später im Kanon versammelt waren, hatte die Qumran-Gemeinschaft, wie die Handschriften und Handschriften-Fragmente zeigen – mit Ausnahme des Buches Esther. Das heißt freilich nicht, daß die Qumran-Leute bereits denselben Kanon hatten, den später die Rabbinen aufgestellt hatten. In Qumran hat man ja noch eine Fülle anderer, bis dahin zumeist unbekannter Schriften gefunden. Es ist auch die Frage, ob man in Qumran überhaupt einen fest abgegrenzten Kanon hatte.
Man könnte noch einzelne andere Handschriftenfunde hinzufügen, die alle zeigen, daß es in älterer Zeit Textfassungen gab, die mit derjenigen Fassung, welche die Rabbinen ihrem Kanon zugrunde gelegt hatten und den sie später streng bewahrten, nicht übereinstimmte. Zu erwähnen sind auch die Handschriften-Fragmente biblischer Texte, welche in Masada gefunden worden sind, jener Bergfeste am Toten Meer, die als letzte Zuflucht der Aufständischen im Jahre 74 von den Römern erobert wurde. Ein weiterer Fundort ist Nahal Hever/Wadi Sayal. Dort war ein Stützpunkt von Juden im Bar-Kochba-Aufstand (132-135), ebenso im Wadi Murabbat ebenfalls am Toten Meer. Am letztgenannten Ort fand man auch Handschriften aus der Bar-Kochba-Zeit. Das Buch der zwölf kleinen Propheten zeigt bereits die Anordnung, die sich in dem späteren masoretischen Text findet. Anders verhält es sich mit dem Zwölf-Propheten – Buch, das neben vielen anderen biblischen Texten in Qumran gefunden wurde. Die stammen alle aus vorchristlicher Zeit. Da ist das Zwölf-Propheten- Buch anders angeordnet. Nur soll man sich als Bibelleser, zumal wenn man auf eine Übersetzung angewiesen ist, keinen Phantasien hingeben. Die Abweichungen sind in wissenschaftlicher Hinsicht für die Geschichte des Textes, für das Werden der Bibel sehr wichtig, aber in der Übersetzung lassen sich die meisten dieser Varianten schon nicht mehr wiedergeben.
Eine besondere Fassung wenigstens der fünf Bücher Mose, des Pentateuch, haben die Samaritaner oder Samariter. Das ist eine Sondergemeinschaft, welche auf einstige Jerusalemer Priester zurückgeht, die sich vielleicht um das Jahr 400 vom Tempel in Jerusalem losgesagt und am Garizim in Mittelpalästina einen parallelen Kult begründet haben, in dem Gebiet also, das einst, seit der Reichsteilung 926 v. Chr. bis zur Eroberung durch die Assyrer 720 v. Chr. zu dem Nordreich „Israel“ gehört hatte und wo wahrscheinlich noch Nachkommen derjenigen Israeliten lebten, die 720 nicht von den Assyrern deportiert worden sind. Über die geschichtlichen Hintergründe und Zusammenhänge der Entstehung der samaritanischen Gemeinde, zu der heute nur wenige hundert Menschen gehören, weiß man wenig. Sie waren jedenfalls „Brüder“ derer aus dem Stamme Juda, der Juden, doch mit ihnen tödlich verfeindet. Auf dem Berge Garizim bei Samaria stand, wie Joh 4,20 angedeutet wird, ihr Tempel.